Die Thistlegorm ist zwar nicht speziell für Kriegszwecke gebaut worden, dennoch wurde sie von der britischen Regierung für diesen Zweck eingesetzt. Ihre Ladung, die das Schiff in Glasgow aufgenommen hatte, war für die britischen Truppen in Ägypten bestimmt. Sie hatte kriegswichtige Güter geladen und so verstaute man unter Deck neben kleinen Schützenpanzern auch Lastkraftwagen, Motorräder inkl. hunderte Ersatzreifen, Anhänger mit Generatoren, Flugzeugmotoren und -tragflächen als Ersatz für die Air Force, Treibstoff- und Wasserbehälter sowie Gummistiefel. Zudem musste natürlich auch der Waffen- und Munitionsnachschub gewährleistet werden und so hatte die Thistlegorm auch Karabiner, Munitionskisten, Minen, Gewehrgranaten, Zünder und die Schiffsmunition geladen. Auf dem Oberdeck wurden zwei Dampflokomotiven inkl. Kohle- und Wasserwagons festgezurrt.

Der spezielle Auftrag der SS Thistlegorm auf ihrer 4. Reise lautete, in einem Geleitzug von insgesamt 16 Schiffen den Nachschub für die britischen Einheiten sicherzustellen. Die Flotte wurde vom Kreuzer “HMS Carlisle” geschützt. Der Name dieser Mission war “Operation Crusader”. Ziel war dabei der Hafen von Tawfiq am Ende des Suezkanals. Das Frachtschiff unter dem Kommando von Kapitän Ellis verließ im August 1941 den Hafen von Glasgow und erreichte ohne Probleme den ersten Zwischenstopp Kapstadt und anschließend den Eingang zum Golf von Suez. Die 12’000 Seemeilen lange Reise über den Atlantik war um einiges sicherer, als der achtmal kürzere Weg durch das Mittelmeer.

Deutsche Aufklärer bemerkten den britischen Konvoi auf seiner Fahrt Richtung Suezkanal und zudem kurierte das Gerücht in deutschen Reihen, dass der Cunard-Dampfer “Queen Mary” mit australischen Truppen sich im nördlichen Roten Meer aufhielt. Man entsandte daher zwei deutsche Bomber vom Typ HE-111, welche dem Kampfgeschwader KG26, dem Löwengeschwader angehörten.

Ziel war es, die “Queen Mary” mit zwei Spezialbomben von jeweils 2000 Kg zu versenken. Der Truppentransporter wurde jedoch nicht gefunden und so befanden sich die beiden Bomber bereits auf dem Rückflug, als eines davon an der Westküste des Sinai beim Sha’Ali den Konvoi entdeckte.

Erst in den fünfziger Jahren stieß Cousteau per Zufall auf das Wrack der Thistlegorm. 1956 schrieb er einen Bericht über den Untergang und das Wrack im National Geographics Magazin, danach blieb das Wrack 35 Jahre lang unangetastet. 1991 schließlich fand es eine Gruppe Taucher bei einer gut geplanten Suchaktion, bei welcher sie fortschrittliche Ortungsgeräte einsetzten.